충청도 회덕군 읍내리에서 태어났으며 대사간 팔송 윤황의 손자이고 학자 미촌 윤선거의 아들이다. 당색은 서인으로 후일 소론의 영수 명재 윤증의 동생이다. 어려서부터 아버지 윤선거의 문하에서 수학하며 가학으로 학덕을 닦았다.

그러나 나이 30세에 병에 걸려 10년 동안 고생하다가, 1668년(현종 9)에 문과에 급제하였으나 전시에 나가지 않았다.(문과는 초시. 복시. 전시 3번의 시험이 있다.)

1669년 부친상을 당하여 출사하지 않았고, 3년상을 마쳤다. 그러나 3년상을 마친 뒤에도 관직에 나가지 않고 스스로 자호하여 호를 농은 이라 하고, 향리의 전야에 파묻혀 일생을 보내려 하였다. 그러나 계속 조정에서는 출사 권유가 들어왔다.

이후 조정에서 여러 번 벼슬을 내렸으나 나가지 않다가, 1681년(숙종7) 처음으로 장흥고주부에 부임하였다. 또 얼마 후에 회덕현감으로 부임하였으나, 관에 있은지 1년만에 벼슬을 버리고 집에 돌아왔다. 그 후 여러 벼슬을 거쳐 1706년(숙종32)에 사헌부 장령에 이르렀으나, 상소하여 사양하고 물러났다. 1707년에 사망하니 당시 향년 75세였다. 저술로는 소론과 노론의 당쟁 사이에 아버지와 형이 유배된 사건에 대해 상세히 기록한 [변무사기(辨誣私記)]와 [농은유고(農隱遺稿)]가 있으며 김제의 용암서원(龍巖書院)에 제향되었다.